پژوهشکده دانشنامه‌نگاری با همکاری گروههای پژوهشی مأموریت خود را مستندسازی، تجمیع و طبقه‌بندی علوم و اطلاعات موجود با هدف تولید و ترویج منابع مرجع در قالب دانشنامه و فرهنگ‌های دانشنامگی و دسترس‌پذیرکردن دانش برای همه اقشار جامعه می‌داند و تلاش می‌کند در حوزه تولید و ترویج دانشنامه‌های تخصصی، نقش محوری در کشور ایفا کند. رعایت استانداردهای علمی دانشنامه‌نگاری و بهره‌گیری از استادان و دانشمندان برتر کشور در تولید و داوری مقالات از اصول اساسی پژوهشکده است.